PROIECT NR 248PED/2017,

 

COD PROIECT: PN-III-P2-2.1-PED-2016-1826,
TITLU PROIECT:“Sub tipuri transcriptomice de cancer hepatocelular si raspunsul acestora la terapie” TRACeR
DIRECTOR DE PROIECT : PROF DR LILIANA LIVIA PASLARU

INSTITUTUL CLINIC FUNDENI BUCURESTI

DATA DE INCEPERE A PROIECTULUI:   17 AUGUST 2017

DATA DE INCHEIERE A PROIECTULUI:  17 DECEMBRIE 2018

VALOAREA TOTALA A PROIECTULUI: 475.000 LEI

AUTORITATEA DE FINANTARE : UEFISCDI

 

Echipa TRACeR

 

Acad. Prof.Dr Irinel Popescu,

Prof Dr Dan Duda

CP I  Dr.  Simona Dima,

Prof Dr Lorand Savu

Conf Dr. Vlad Herlea

Conf Dr Adina Croitoru,

Sef Lucr Dr. Razvan Iacob,

Sef Lucr Dr Speranta Iacob,

Dr. Catalin Pechianu,

Doctoranzi:

Raluca Florea

Andrei Sorop

 

Etapa 1 (17.08 – 15.12.2017)  -Finalizata

Dezvoltarea si implementarea procedurilor standard si a protocoalelor de lucru

Evaluarea  profilelor de expresie genica in cancerul  hepatocelular de etiologievirala si non-virala (studiu date literatura)

 

Etapa 2(15.12.2017 -17.12.2018)

Stabilirea unor  profile  de  expresie genica  a  tumorilor  de etiologie virala  (HCV,  HBV)  si  non-virala prin tehnologia Next Generation Sequencing(NSG)

Analiza functionala a raspunsului la terapie pentru diferite linii celulare hepatice normale sau patologice

 

Introducere

Carcinomul hepatocelular (HCC) reprezinta o problema clinica in expansiune. La nivel global  ocupa locul  2 in  mortalitatea   cauzata de cancer

Optiunile terapeutice ale pacientilor cu stadia avansate de HCC sunt putine; Sorafenib este inca singura terapie sistemica aprobata .Trialuri  de faza III ale altor compusi  nu au putut evidential superiorioritatea lor terapeutica..Cercetarile   in domeniu evidentiaza 2 cauze majore:

– heterogenitatea  ,moleculara intra si inter tumorala  (“molecular signature”)

Fiecare HCC este o combinatie unica de alterari somatice genetice, epigenetice ,transcriptomice si metabolomice ; amprenta moleculara unica.

  – “ insuccesele “ industriei farmaceutice

Se impune astfel analiza “tabloului mutational” al HCC  prin analiza moleculara a tumorilor

Rezultatele pot evidentia stratificari structurale si functionale dar si noi tinte terapeutice

Subclasificarile moleculare sunt corelate cu datele histopatologice si clinice  si pot servi ca  biomarkeri predictivi,universal aplicabili ai raspunsului la terapie si implicit al recurentei sau al prognosticului

 

 

Scopul proiectului

Scopul proiectului TRACeR este obtinerea de subtipuri moleculare  – biomarkeri predictivi-pentru carcinomul hepatocelular( HCC)  de etiologie virala , (HBV,HCV) sau non virala, prin analiza transcriptomica  ( NextGenerationSequencing)a probelor tisulare de la pacienti si evaluarea ulterioara  a raspunsului  la terapie

Pe baza rezultatelor (seturi de gene si caile de semnalizare corespunzatoare)  se va putea elabora un model cu un impact pozitiv in managementul pacientilorcu HCC ; el va permite o mai buna  evaluare a prognosticului,  a riscului de recurenta si a raspunsului la terapie

.

 

Etapa 1 (17.08 – 15.12.2017)  – Finalizata

Dezvoltarea si implementarea procedurilor standard si a protocoalelor de lucru

Evaluarea profilelor de expresie genica in cancerul hepatocelular de etiologie virala si non-virala (studiu date literatura)

 

Rezultate estimative verificabile ale activitatilor

 

– Stabilirea consimtamantului informat scris si obtinerea aprobarii Comisiei de  Etica pentru implementarea acestui studiu  in  cadrul  Institutului Clinic Fundeni. Realizat
– Stabilirea criteriilor clinico-patologice  de  includere  a  pacientilor  in studiu. Realizat
– Standardizarea protocoalelor  de  lucru pentru colectarea  si  Procesarea specimenelor biologice,  (extractii  ARN,  secventiere ARN si experimente pe culturi de celule.) Realizat
– Colectia specimenelor biologice de  la pacienti cu HCC         (pacienti cu infectie virala HBV s i HCV si pacienti fara infectie virala) Realizat
– Rapoarte histopatologice pentru pacienti iinclusi in studiu. Realizat
– Stabilirea profilelor serologice ale pacientilor. Realizat
– Corelarea informatiilor din baze de date publice de microarray cu datele clinico-patologice Realizat
– Obtinearea de esantioane ARN din probele tisulare. Realizat
– Rapoarte de control al calitatii pentru probele de ARN. Realizat
– Actualizarea bazei de date clinice. Realizat

 

 Etapa 2 – 2018

 

Stabilirea unor profile de expresie genica a tumorilor de etiologie virala (HCV, HBV) si non-virala prin tehnologia Next Generation Sequencing. Analiza functionala a raspunsului la terapie (un medicament sau combinatii de medicamente) pentru diferite linii celulare hepatice normale sau tumorale

 

Rezultate prevazute 

 

Date generate de secventierea ARN/ADN si corelatia acestora cu datele clinico-patologice. Realizat
Posibila evidentiere a unor subtipuri de HCC Realizat
Rapoarte pentru profilele transcriptionale. Realizat
Optimizarea metodelor si obtinere a unor linii celulare modificate genetic prin tehnologia CRISPR-Cas9; obtinerea unor linii celulare izogene. Realizat
Rapoarte de confirmare a knock-down sau  knock-in Realizat
Date privind raspunsul functional la terapie al liniilor celulare izogenice. Realizat
Managementul datelor..Realizarea de rapoarte stiintifice periodice Realizat
Diseminarea rezultatelor Realizat

 

 Diseminarea rezultatelor  s-a facut prin :

 

  1. POSTER Liliana Paslaru , IV Matei, Adina Croitoru, Simona Dima, Raluca Florea, A Sorop, Veronica Ilie and I Popescu“Response of  hepatic tumor cells to combined chemotherapy”  la “Annual International Conference of the Romanian Society of Biochemistry and Molecular Biology” Bucharest 5-7thSeptember ,2018

 

  1. Prezentarea : Liliana Paslaru,, IVMatei, Adina Croitoru, Simona Dima, Raluca Florea, A Sorop, Veronica Ilie and I Popescu“ « Raspunsul unor celule tumorale hepatice la chemoterapii combinate «  Zilele medicale ale IC Fundeni octombrie 2018

 

  1. Liliana Paslaru ,Petruta Alexandru, Simona O Dima , Sanda M Cretoiu and Irinel Popescu  “CRISPR/Cas9 gene editing in hepatic tumor cells”  Articol acceptat laRomanian Biotechnological Letters

 

  1. Liliana Paslaru , Raluca Florea , I.V Matei, Adina Croitoru, Simona Dima, A Sorop, V Herlea,Veronica Ilie, Petruta Alexandru and I Popescu“In vitro modelling of hepatocellular carcinoma response to combined chemotherapy”  Articol in evaluare  la Revista de chimie